הצגת המקור של הדף "ביוכימיה/קשרים כימיים בחלבון"

הקשרים הכימיים יכולים להתרחש בשרשרת, בשייר שלה או בין שרשראות.
=[[כימיה לבגרות/כימיה - 3 יחידות/ סוגי קשרים כימיים|קשרים קוולנטים]]=
==הקשר הפפטידי ==
קשר חשוב. נוצר בין חומצות אמינו. 

===<span style="color: BLUE;">מושגים</span>===
'''קשר פפטידי – '''שלד שרשת החלבון. קשר קוולנטי הנוצר בין חומצות אמינו. קיימים שמות למספר ח.א המקיימות את הקשר : 
*'''דופפטיד –''' רצף של שתי חומצות אמינו.
*''' טריפפטיד –''' רצף של 3 חומצות אמינו.
* '''טטרפפטיד –''' רצף של 4 חומצות אמינו.
* '''פנטפפטיד – '''רצף של 5 חומצות אמינו.
* '''אולוגופפטיד –''' עד 10 חומצות אמינו.
*''' פופפטיד –''' 11 חומצות אמינו ויותר.

<br />
===<span style="color:BLUE;">כיצד נוצר הקשר הפפטידי?</span> ===
היווצרות קשר בין קבוצה קרבוקסילית של חומצה אמינית אחת אל הקבוצה האמינית של חומצה אמינית אחרת. במהלך היקשרות משתחררת מולקולת מים.

[[תמונה:Peptidformationball.svg |מרכז|thumb|250px|שלד השרשרת נוצר בעקבות השתחררות מולקולת המים. הפפטיד שנוצר הוא דופפטיד, בעל שני שיירים (R), אשר כל אחד מהם מייצג את החומצה האמינית שבפפטיד]]

===<span style="color: BLUE;">קצוות הפפטיד והשיירים</span>===
בעקבות היווצרות קשרים פפטידים בין חומצות אמינו שונות, נוצר שרשרת של פפטיד. לשרשרת שני קצוות הנקראים :
<gallery>
תמונה:N-terminal of protein.png|'''קצה N טרמינל –''' תחילת שרשרת הפפטיד (קבוצה אמינית).
תמונה:C-terminal of protein.png|''' קצה C טרמינל – '''סוף השרשרת (קבוצה קרבוקסילית).
תמונה: Ala+His.JPG|כל '''חומצה אמינית''' בשרשרת הפפטיד נקראת שייר. בפפטיד שלנו יש שני שיירים : אלנין והיסטדין.
</gallery>

===<span style="color: BLUE;">טרנס וציס</span>===
[[קובץ:Peptide bond trans cis.JPG|ימין|thumb|250px|טרנס וציב מקובעים במקום וכל שאר החלקים נעים ב-<math>180^\circ</math>]]
<br />
באופן כללי, האיזומרים ציס וטרנס נוצרים עקב חוסר יכולת של האטומים להסתובב סביב ציר הקשר. בדרך כלל, מתרחש '''בקשר כפול''' או '''במבנה טבעתי'''.

<br /><br /><br />
בקשר פפטידי האלקטרונים נעים בין שני קשרים : O=C ול-C-N ועל כן הקשר קשיח ואין לו חופש תנועה במרחב.<br />
חופש התנועה מתקיים משני צידי הקשר הפפטידי <math>180^\circ</math> לכל כיוון (הכוונה אל כל החלקים שאינ מסומנים בריבוע). מכאן, שהקשר הפפטידי נוצר באחת משתי הצורות : 
[[קובץ:Cis trans bsp.png|LEFT|thumb|150px|טרנס וציס]]
*'''ציס –''' כאשר המתמירים (אטום/ים המחליף/ים אטום מימן) באותו כיוון.
*'''טרנס –''' כאשר המתמירים בכיוון נגדי.

הקשר הפפטידי המועדף עבור חומצות אמינו הוא '''טרנס'''. פרט, לחומצה האמינית '''פרולין''' שאינה יכולה ליצור קשר טרנס. נכוחות ברצף מוביל לכיפוף של השרשרת.

=== [[ביוכימיה/מטענים|מטען החומצה האמינית]] ===

==קשר גופרית/דיסולפידים (S-S) ==
קשר שלישוני שקיים רק בחלבון בעל חומצה האמינית צסטיאין (בעלת קבוצה סולפהידרילית = SH). קבוצה זו, נוטה להתחמצן ב-PH פזיולוגי (ph=7.2 – PH שקיים בתא) וכך נוצר קשר בין שני אטומי גופרית של שתי חומצות ציסטאיניות שונות. <br />
'''נהרס ע"י :''' B מרקפתואל או חיזור (בד"כ באמצעות יוני מימן).

<gallery>
תמונה:Disulfide bond.PNG|קשר דיסולפידי בתוך שרשרת ובין שתי שרשראות פפטידיות
תמונה:Disulfide-bond.png|חמצון הקבוצה הסולפהידרלית
</gallery>

=קשרים סטטים / אינטראקציות יוניות=
קשר המתקיים בעקבות משיכה או דחייה של מטענים הנמצאים על חומצות האמינו. חומצות בעלות מטען :
*'''חומצות בעלות מטען חיובי (לאה) –''' ליזין, ארגנין, היסטדין.
*''' חומצות בעלות מטען שלילי –''' חומצה אספרטית וחומצה גלוטמית.
[[קובץ:Ionic bond.PNG|מרכז|thumb|250px|קשרים סטטים בשייר ובין שרשראות פפטידות]]

=[[כימיה לבגרות/כימיה - 3 יחידות/קשרים בין מולקולאריים|קשרי מימן]]=
[[קובץ:3D model hydrogen bonds in water.svg|left|thumb|150px|כיתוב תמונה]]
קשרי מימן הם קשרים בין מימן (H) לאחד מהאטומים הבאים : N-O-F. בדרך כלל, בחלבונים הקשר הוא בין מימן לחמצן.<br />
קשרי מימן חלשים כאשר הם נמצאים בתוך המולקולה-השרשרת, אולם הם חזקים כאשר הם בין שרשראות. ככל שיש יותר קשרי מימן יהיה המבנה חזק ויציב יותר. <br />
נהרס ע"י : הוספת אוראה.
<br /><br /><br /><br /><br /><br />
=[[כימיה לבגרות/כימיה - 3 יחידות/קשרים בין מולקולאריים|קשר ו.ד.ו]]=
קשרים הקיימים בתוך החלבון; בשלד. הם נחשבים לקשרים חלשים, אולם הם תורמים רבות ליציבות החלבון.

==אינטראקציות הידרופוביות==
קשרי ו.ד.ו החשובים ביותר, שהם קשרים הידרופוביים או פולאריים (הידרופיליים) המתקיימים בחלבון. 
החלבונים ההידרופוביים מתקפלים בקפלים בתא (בגלל הסביבה הפולארית - מים). <br />
נהרס ע"י : ממסים אורגנים  וחומצות פוביות.

=ראה גם=
* [[ביוכימיה/חומרים דנטורטיביים|חומרים דנטורטיביים]]

[[קטגוריה : ביוכימיה]]